Die Scripts müssen immer im Header angegeben werden. So ist das da auch.

nicht ganz, idealerweise sollte javascript immer zum schluss im Body eingebuden werden, weil ....

Es wird zu erst PHP ausgeführt, danach kommt eine HTML ausgabe und zum schluss wird JavaScript code ausgeführt.

Wenn du ein fehler im Javasript code hast und hast dein JavaScript am anfang des Dokuments eingebunden , dann bricht der Browser bei dem fehler ab und weiterer HTML Code wird nicht ausgegeben. Wenn du aber schon eine Komplette anzeige generiert hast , können im JS fehler passieren und der User wird es nicht sofort merken.

Genaue Tipps kann man mit dem FireFox plugin YSlow erhalten, dort wird die Webseite nach bestimmten kriterien eingestufft und wird gesagt was besser wäre. zb "Put Scripts at the Bottom"
http://developer.yahoo.com/performance/rules.html#js_bottom

MFG

Laut den Wordpress-Spielregeln muss das ganze in die Header.php, korrekt. Hier wird es recht ausführlich erklärt, auch wenn es sich um ein anderes script handelt. Der Ablauf ist aber der gleiche.

Gruß
Phos